Действие фильма происходит в будущем, через десять лет. Фильм является историей происхождения, в которой показывается образование организации «Кобра». Стивен Соммерс сказал по этому поводу: «Для тех, кто ничего об этом не знает, это будет иметь смысл. А тем, кто любит всё это, фильм покажет, с чего всё начиналось». В фильме рассказывается о вступлении Дюка (Ченнинг Татум) и Рипкорда (Марлон Уэйанс) в ряды команды «Джи-Ай Джо». Среди мест действия: Арктика, Париж, Москва, Вашингтон (округ Колумбия), Австралия и Египет. Команда «Джи-Ай Джо» базируется в «Яме», в то же время Остров Кобры также появляется в фильме.

Базирующееся в Египте высокотехнологичное международное военное подразделение, известное как G.I. Joe, противостоит зловещей корпорации, руководимой знаменитым оружейным бароном.